Στην πρεμιέρα της σειράς, ο Μέισον Κέιν και η Νάντια Σιν, κορυφαίοι πράκτορες της Citadel, συκγρούονται με μία ισχυρή νέα οργάνωση, τη Μάντικορ, κάτι που οδηγεί σε καταστροφή. Οχτώ χρόνια μετά, ο Μέισον Κέιν ζει μια ήσυχη ζωή ως "Κάιλ Κονρόι", με καμία ανάμνηση του παρελθόντος. Μέχρι που μια μέρα ένας παλιός συνάδελφος ζητά τη βοήθειά του για να σταματήσει τη Μάντικορ.

Ο Κάιλ κι ο Μπερνάρντ ταξιδεύουν στη Νέα Υόρκη για να κλέψουν τη Θήκη Χ της Citadel από τα κεντρικά της Μάντικορ πριν να είναι αργά. Αργότερα, ο Κάιλ μαθαίνει πως ένα πρόσωπό από το παρελθόν του είναι ακόμη ζωντανό και ρισκάρει τα πάντα για να το βρει.

Ο Κάιλ και η Νάντια φτάνουν σε ένα παλιό ασφαλές σπίτι. Η παλιά τους κοινή ζωή βγαίνει στην επιφάνεια. Σύντομα, ανακαλύπτουν πως ένας πρώην σύμμαχος που μπορεί να είναι το κλειδί για να σταματήσουν τη Μάντικορ, είναι φυλακισμένος στο Μαρόκο. Για να τον σώσουν, πρώτα πρέπει να ζητήσουν τη βοήθεια ενός εγκληματία. Η αποστολή τους όμως κινδυνεύει όταν μυστικά του παρελθόντος έρχονται στο φως.

Μετά τη σοκαριστική αποκάλυψη της πρώην ταυτότητας της Άμπι, μαθαίνουμε την παλιά σχέση του Μέισον με τη Νάντια και τη Σελέστ, και μία απόφαση που έχει συνέπειες μέχρι σήμερα. Η Νάντια και ο Κάιλ φτάνουν στην τοποθεσία της Μάντικορ στο Μαρόκο και ρισκάρουν τις ζωές τους για να ελευθερώσουν τον σύμμαχό τους. Αλλά η ηρωική υποδοχή τους δεν κρατάει πολύ αφού αντιμετωπίζουν επικίνδυνες κατηγορίες.

Η Νάντια, ο Κάιλ και ο Κάρτερ αναγκάζονται να συνεργαστούν για να διαφύγουν από τη Μάντικορ και να προστατέψουν τη θήκη Χ, αλλά οι υποψίες που πέφτουν πάνω σε έναν από τους ήρωές μας, οδηγούν σε ένα εκρηκτικό ξεκαθάρισμα.

Στην επική ολοκλήρωση του Κύκλου, η ομηρεία ενός δικού τους από τη Μάντικορ, οδηγεί τον Κάιλ, τη Νάντια και τον Κάρτερ να ρισκάρουν τα πάντα για να τον σώσουν και να καταστρέψουν τα σχέδια της Μάντικορ να αποκτήσει πυρηνικά όπλα. Καθώς οι ήρωές μας αντιμετωπίζουν πυρηνική απειλή, αποκαλύπτεται η ταυτότητα του σπιούνου της Citadel, καθώς και η φοβερή αλήθεια πως όλα όσα ξέρουν είναι ένα ψέμα.

Μετά τα γεγονότα της Σεζόν 1, ο Μέισον, η Νάντια και ο Μπερνάρντ κρύβονται σε διάφορα σημεία της Ευρώπης. Ενώ ο Μέισον βασανίζεται από προβλήματα ταυτότητας και η Νάντια ξεφεύγει μαζί με την κόρη της από την πράκτορα Απάρνα, ο Μπερνάρντ συμμαχεί με τον Χατς, πρώην πράκτορα της CIA, για να σταματήσει τον Πάουλο Μπράγκα. Όταν η Νάντια έρχεται αντιμέτωπη με τον Φρανκ Σαρπ, αποκαλύπτεται ένα μυστικό.

Η φυγή της Άμπι πυροδοτεί φονικές εξελίξεις, καθώς ο Μέισον μάχεται με εκτελεστές της Manticore. Ο Πάουλο και η Τζοάνα σημειώνουν πρόοδο σε σχέση με το όπλο τους, ενώ ταυτόχρονα καταδιώκουν τον Μέισον. Ο Μπερνάρντ και ο Χατς σπεύδουν να συγκεντρώσουν την ομάδα. Μετά από μια βίαιη σύγκρουση με τη Νάντια, ο Μέισον ζητά τη συνδρομή ενός παλιού εχθρού κι ανακαλύπτει ένα σκοτεινό μυστικό του Μπερνάρντ.

Με το σχέδιο του Πάουλο σε πλήρη εξέλιξη, ο Μέισον και η Νάντια υποχρεώνονται σε μια άβολη συμμαχία. Μαζί με τον Μπερνάρντ, τον Χατς, τη Σελίν και τον Φρανκ Σαρπ, εξορμούν σε μια παράτολμη αποστολή για να αποκαλύψουν την ταυτότητα ενός μυστηριώδους χάκερ, ο οποίος είναι το κλειδί για την αποτροπή μιας παγκόσμιας καταστροφής.

Μετά την αποκάλυψη της πραγματικής ταυτότητας του Έντισον, η ομάδα στρέφει την προσοχή της σε ένα λαμπερό γκαλά, όπου αναμένεται να εμφανιστεί ο στόχος της. Όμως, με την ένταση ανάμεσα σε Μέισον και Νάντια στο απροχώρητο, και τους εχθρούς σε απόσταση αναπνοής, μια απρόβλεπτη απόφαση απειλεί να τινάξει στον αέρα όλη την αποστολή.

Ο Μέισον και η Ντάλια μπαίνουν σε συζητήσεις για μια κρίσιμη ανταλλαγή αιχμαλώτων, για να πετύχουν την απελευθέρωση της Άμπι. Η φόρτιση του Μέισον απειλεί να εκτροχιάσει το σχέδιο, αλλά οι δύο πλευρές εντείνουν τις προσπάθειές τους για την εκτέλεση της ανταλλαγής, οδηγώντας σε μια σοκαριστική αποκάλυψη από την Άμπι, που αλλάζει τα δεδομένα.

Καθώς η Τζοάνα θέτει σε κίνηση το σχέδιο για τη δολοφονία του Ρώσου Προέδρου στη Σύνοδο Κορυφής των G8, ο Μέισον και η Νάντια πηγαίνουν την Άμπι σε ένα ασφαλές σπίτι στη Σκωτία. Όμως, όταν ανακαλύπτουν τη φρικτή αλήθεια για αυτό που συνέβη στην Άμπι, τίθεται σε κίνηση μια καταστροφική αλληλουχία γεγονότων.

Οι πράκτορες της Citadel μάχονται με τον χρόνο για να εμποδίσουν το σχέδιο της Τζοάνα για τη δολοφονία του προέδρου Άρονοφ στη Σύνοδο Κορυφής των G8, και την απόκτηση του ελέγχου των ρωσικών δορυφόρων. Η ομάδα καλείται να εκτελέσει μια επικίνδυνη αποστολή διείσδυσης και να κάνει δύσκολες και θανάσιμες επιλογές κατά την τελική αναμέτρηση.